<DIV>
<DIV>Hi,</DIV>
<DIV>There is the algorithme that i use(abstract):</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;- itkSeriesReader - read png files like ln001.png ln002.png ...</DIV>
<DIV>&nbsp;- itkDilateFilter</DIV>
<DIV>&nbsp;- itkErodeFilter</DIV>
<DIV>&nbsp;- itkOtsuThresholdFilter</DIV>
<DIV>&nbsp;- method that saves only boundaries of the object in the image - contour of black pixels at white background - (contour image like jointed - cont004.png)</DIV>
<DIV>it think there's somthing easier and more efficient for this purpose in itk but i didn't find</DIV>
<DIV>&nbsp;- itkWriter - I save a volume with the contours of images - contour.mhd</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I thinked first I can visualise this volume.mhd in vtk,it's my purpose but it visualize only the first slice in the volume</DIV>
<DIV>&nbsp;- so I extracted x,y,z coordinates of pixels on the contour in txt</DIV>
<DIV>&nbsp;- I read .txt and put x,y,z in vtkPolyData</DIV>
<DIV>&nbsp;- vtkSurfaceReconstructionFilter</DIV>
<DIV>&nbsp;- vtkContourFilter</DIV>
<DIV>&nbsp;- vtkSmoothPolyDataFilter </DIV>
<DIV>&nbsp;- vtkPolyDataNormals</DIV>
<DIV>&nbsp;- vtkPolyDataMapper</DIV>
<DIV>&nbsp;- vtkActor</DIV>
<DIV>&nbsp;- vtkRenderer</DIV>
<DIV>&nbsp;- vtkRenderWindow </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I want to get something like in Medical.cxx.</DIV>
<DIV>I saw that vtkVolumeReader can read images files to compose a volume so may be it's better to use it instead of vtkBMPReader,it works the same way.But when I initialise an instance </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>vtkVolumeReader *volumer=vtkVolumeReader::New(); I get error msg:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>errorC2440 - impossible de convertir vtkObject en vtkVolumeReader </DIV>
<DIV>&nbsp;but with vtkVolume16Reader there's no problem.</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;<BR>So I want to make a surface and a volume from this contour.mhd , is marchingcubes better approch then surfaceRectonstructionFilter??Can i implement a surface with my points following Medical exemples??</DIV>
<DIV>Regards,</DIV>
<DIV>Stanislava</DIV>
<DIV><BR><B><I>med ali &lt;daalyusmo@yahoo.fr&gt;</I></B> a écrit :</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">
<DIV>hi,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>can you give me the code you have developped </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>you can use this to construct a volume from *.bmp slices </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp; reader= vtkBMPReader()<BR>&nbsp; <BR>&nbsp; I am not fimiliar with the BMPReader, But i think it is as same as <BR>the vtkImageReader. you can read the bmp as follows: <BR>reader=vtkBMPReader()<BR>reader.SetFilePrefix(.../file) # make sure your all 2D images with the <BR>same file head, such as file.1, file.2,....<BR>reader.SetDataByteOrderToLittleEndian()<BR>reader.SetDataExtent(0, 180, 0, 216, 0, 180)<BR>reader.SetDataSpacing(0.312012, -0.33603, 0.33603)</DIV>
<DIV>marchingcubes= vtkImageMarchingCubes()<BR>marchingcubes.SetInput(reader.GetOutput())<BR>marchingcubes.SetValue(0,800)</DIV>
<DIV>writer=vtkPolyDataWriter()<BR>writer.SetInput(marchingcube.GetOutput()) <BR>writer.SetFileName(".../heart.pdw");<BR>writer.Write()</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Best Regards!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>dali <BR><BR><B><I>syssboxx-vtk@yahoo.fr</I></B> a écrit :</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">
<DIV>
<DIV>Hi to all,</DIV>
<DIV>I have a question about the exemples Medical.cxx. It use the files in the directory Data\headsq\quarter to read a volume dataset and create an isosurface of the skin.In fact what represent these quarter... files and what information have it,is it something like a dicom file?How is it obtained,is it like a CT scan where it's much easy to separate the structure of the bone and the skin.</DIV>
<DIV>Is it possible to read a volume set of 2d .png images from MRI scan and if yes,what kind of volume reader can i use.What is the best way to read a volume of png with MRI and process them to compose a volume and visualise it in vtk.That I'm doing is reading the png series in ITK and then processing then - morphological operations,&nbsp;thresholding and I developped my method for detect the contour exterior so in end of my itk pipeline i have a volume which contains a files with only a contour of width one pixel.I exported my coordinates x,y,z of this pixels in a txt file and i visualize it with vtk with surfaceReconstructionFilter and ContourFilter but the results aren't very nice.</DIV>
<DIV>It's the problem that my images have only a thin contour or I have to fill them before use surfaceRecenostructionFilter.</DIV>
<DIV>Is there a other way to visualise my set of point without fill the interior?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks a lot,</DIV>
<DIV>Stanislava IVANOVA</DIV></DIV>
<P>
<HR SIZE=1>
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