Steve,<br><br>Sounds like a vtk install problem. Maybe we can tickle someone at Kitware to look into it.<br><br>Bill<br><br><div class="gmail_quote">On Dec 10, 2007 3:40 PM, Steve Pieper &lt;<a href="mailto:pieper@bwh.harvard.edu">
pieper@bwh.harvard.edu</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Peter -<br><br>Yes, it sounds like there&#39;s a difference between building slicer against
<br>an installed vtk rather than the build tree. &nbsp;Can you build slicer by<br>pointing at your vtk build tree for now?<br><br>Regarding &quot;VoxelView&quot; format - I don&#39;t know... Slicer3 now relies on the<br>ITK IO factory for reading and writing and it&#39;s &#39;fairly&#39; easy to
<br>implement these as long as your data is pretty standard volumes.<br><br>Best,<br><font color="#888888">Steve<br></font><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br><br>Peter Wainwright wrote:<br>&gt; On Mon, 2007-12-10 at 09:46 -0500, Steve Pieper wrote:
<br>&gt;&gt; Hi Bill, Peter -<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Yes, slicer3 is typically built against the VTK-5-0 cvs branch.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; I ran a slicer3 build against the vtk head and didn&#39;t see any issues.<br>&gt;&gt; Is your build against an install tree or a build tree?
<br>&gt;<br>&gt; I guess you would say it was against an &quot;install tree&quot;? &nbsp;That is to say<br>&gt; I did &quot;make install&quot; to install all the prerequisite packages in a<br>&gt; common prefix &quot;/usr/local/Vis&quot; and then built Slicer3 for the same
<br>&gt; prefix.<br>&gt;<br>&gt; After installing those 2 headers Slicer3 built, installed and ran. &nbsp;I<br>&gt; have not used it in anger since the data I am interested in is in an<br>&gt; antique format and I have not been able to load it yet... &nbsp;do you have
<br>&gt; any tools for importing the &quot;VoxelView&quot; file format? &nbsp;If not I must<br>&gt; learn how to write an import module myself...<br>&gt;<br>&gt; Peter<br>&gt;<br>&gt;&gt; Good luck,<br>&gt;&gt; Steve<br>&gt;&gt;
<br>&gt;&gt; Bill Lorensen wrote:<br>&gt;&gt;&gt; Peter,<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; I&#39;ve cross-posted this to the slicer developers list.<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; I don&#39;t think that Slicer3 builds against VTK cvs. I believe the
<br>&gt;&gt;&gt; recommended VTK branch is: VTK-5-0.<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Bill<br>&gt;&gt;&gt; On Dec 9, 2007 5:58 AM, Peter Wainwright &lt;<a href="mailto:prw@ceiriog.eclipse.co.uk">prw@ceiriog.eclipse.co.uk</a>
<br>&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:prw@ceiriog.eclipse.co.uk">prw@ceiriog.eclipse.co.uk</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; Hi,<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; I&#39;m trying to compile the latest SVN version of Slicer3
<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Slicer3" target="_blank">http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Slicer3</a><br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; using the latest CVS version of VTK. &nbsp;The compilation complains about a
<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; couple of missing headers:<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; [ 16%] Building CXX object Libs/MRML/CMakeFiles/MRML.dir/vtkMRMLScene.o<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; In file included<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; from /usr/local/Vis3/bin/../include/vtk-
5.1/vtksys/hash_map.hxx:42,<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; from /home/prw/src/Slicer3-20071209/Libs/MRML/vtkMRMLScene.h:32,<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; from /home/prw/src/Slicer3-20071209/Libs/MRML/vtkMRMLScene.cxx:22:
<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; /usr/local/Vis3/bin/../include/vtk-5.1/vtksys/hashtable.hxx:44:43:<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; error: vtksys/cstddef: No such file or directory<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; make[2]: *** [Libs/MRML/CMakeFiles/MRML.dir/vtkMRMLScene.o] Error 1
<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; /home/prw/src/Slicer3-20071209/Base/Logic/vtkImageSlice.cxx:27:35:<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; error: vtkTemplateAliasMacro.h: No such file or directory
<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; make[2]: *** [Base/Logic/CMakeFiles/SlicerBaseLogic.dir/vtkImageSlice.o]<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; Error 1<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; make[1]: *** [Base/Logic/CMakeFiles/SlicerBaseLogic.dir/all] Error 2<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; make: *** [all] Error 2
<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; I have found the same problem in CVS/SVN versions of VTK/Slicer3 for<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; several months now. &nbsp;I work around the problem by manually &quot;installing&quot;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; the header files where Slicer3 expects to find them.
<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; Can you tell me whether these are public headers (in which case VTK<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; should be fixed to install them) or whether they are internal private<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; headers (in which case Slicer3 should not be using them)?
<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; Thanks,<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; Peter Wainwright<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; This is the private VTK discussion list.
<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; Please keep messages on-topic. Check the FAQ at:<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ</a><br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; Follow this link to subscribe/unsubscribe:
<br>&gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.vtk.org/mailman/listinfo/vtkusers" target="_blank">http://www.vtk.org/mailman/listinfo/vtkusers</a><br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; _______________________________________________<br>&gt;&gt;&gt; slicer-devel mailing list<br>&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:slicer-devel@bwh.harvard.edu">slicer-devel@bwh.harvard.edu</a><br>
&gt;&gt;&gt; <a href="http://massmail.spl.harvard.edu/mailman/listinfo/slicer-devel" target="_blank">http://massmail.spl.harvard.edu/mailman/listinfo/slicer-devel</a><br>&gt;&gt;&gt; To unsubscribe: send email to <a href="mailto:slicer-devel-request@massmail.spl.harvard.edu">
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