David,<br><br>I&#39;m using SIH, which is less prone to getting stuck in local minima.  I&#39;m trying to align two volumes that differ mainly in radial orientation.  The confocal microscope can&#39;t image through the entire sample, so we&#39;re re-constructing from 4 z-stacks that are 90 deg apart.  <br>
<br>I&#39;m using a sum of squared intensity differences in the objective function.  I assume iterating though a volume and getting the attributes of the voxels is possible.<br><br>Is there an easy way to read in 16-bit unsigned data?<br>
<br>KLN<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 17, 2010 at 5:08 PM, David Gobbi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:david.gobbi@gmail.com">david.gobbi@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Kevin,<br>
<br>
You can resample and rotate a volume fairly easily in VTK with<br>
vtkImageReslice.  You would have to keep your optimization code<br>
because the only general-purpose optimizer that VTK has is a<br>
Nelder-Mead simplex (vtkAmoebaMinimizer).  The big question is<br>
how you would extract whatever parameter/statistics from the images<br>
that you need for the optimization -- VTK&#39;s image classes are focussed<br>
more on visualization than on analysis.<br>
<font color="#888888"><br>
  David<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
On Wed, Nov 17, 2010 at 3:54 PM, Kevin Neff &lt;<a href="mailto:kevin.l.neff@gmail.com">kevin.l.neff@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; I am evaluating ways to perform a non-interactive interpolation and rotation<br>
&gt; of a 3-d dataset.  Is VTK an appropriate choice for this task?<br>
&gt;<br>
&gt; I have non-isotropic 3-dimensional data from a confocal microscope.  I will<br>
&gt; have to interpolate to define cubic voxels.  Then, I need to rotate the<br>
&gt; volume many times.  The rotations will be directed by a global minimization<br>
&gt; routine.<br>
&gt;<br>
&gt; I have coded some of this, but it&#39;s buggy and I need to figure out if it&#39;s<br>
&gt; worth finishing or using another solution, such as VTK.<br>
&gt;<br>
&gt; KLN<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ----------<br>
&gt; Kevin Neff, Ph.D.<br>
&gt; Mayo Clinic College of Medicine<br>
&gt; Rochester, MN<br>
</div></div></blockquote></div><br>